Сейчас всё уже в норме. Некоторые заказы с некорректными ценами отменились автоматически. Остальные можно отгружать — Маркет компенсирует разницу между ценой продажи и той, которую продавцы устанавливали.
Отмена заказа с некорректной ценой не повлияет на индекс качества. Конечно, не будет и начислений за такую отмену.
Источник: Яндекс Маркет для продавцов